Ｑ：CGIを設置する時、任意のディレクトリで設置してもいいのでしょうか？

はい、ご自分で決められたディレクトリに設置していただいてけっこうです。
ただし、サブドメインご利用の方は【cgi-bin】というディレクトリはサーバ側が利用していますので、他のディレクトリ名を指定して設置してください。